Comment mettre en place la comptabilité d’une entreprise ?

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Après avoir réalisé vos formalités d’immatriculation, vous allez devoir mettre en place l’organisation de votre entreprise. Parmi les travaux à accomplir, il convient de mettre en place la comptabilité de votre entreprise. Pour cela, vous devez vous interroger sur plusieurs points, notamment au niveau du choix du logiciel comptable, de l’expert-comptable, du plan comptable, de la méthode de classement de vos pièces justificatives…

Ce dossier vous explique comment mettre en place votre comptabilité suite à la création de votre entreprise :

Mettre en place la comptabilité d'une entreprise

Quand faut-il mettre sa comptabilité en place ?

Il est conseillé de mettre en place la comptabilité le plus rapidement possible. En fonction de votre activité, la comptabilité aura un rôle plus ou moins important dans le pilotage de votre entreprise. Par exemple, si vous démarrez une activité de négoce, vous devez la mettre en place immédiatement car vous allez avoir besoin d’informations issues de la comptabilité pour gérer vos relations clients et fournisseurs.

Si vous décidez de confier la gestion de toute votre comptabilité à un expert-comptable, votre préoccupation principale consiste à choisir votre expert-comptable (voir ici).

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Quel système de comptabilité faut-il mettre en place ?

Le système de comptabilité que vous devez mettre en place dépend du régime d’imposition des bénéfices de votre entreprise.

La comptabilité pour les entreprises au régime réel d’imposition

Les entreprises au régime réel d’imposition doivent en principe tenir une comptabilité dite d’engagement. Ce système consiste à comptabiliser une recette dès qu’elle est acquise, et une dépense dès qu’elle est engagée. Le site Compta-facile vous explique en détail le fonctionnement de cette comptabilité : la comptabilité d’engagement.

Lorsque vous être régime réel simplifié d’imposition ou en déclaration contrôlée, vous pouvez tenir une comptabilité de trésorerie. Ce système de comptabilité est beaucoup plus simple à gérer qu’une comptabilité d’engagement. Toutefois, les entreprises qui ont besoin de suivre les en-cours clients et fournisseurs adopteront logiquement une comptabilité d’engagement.

En tenant une comptabilité de trésorerie, vous devez enregistrer :

  • en cours d’exercice, uniquement les mouvements qui affectent votre trésorerie,
  • et à la clôture de l’exercice, toutes les créances et les dettes en cours (factures clients et factures fournisseurs non encore payées).

Nous étudions le choix entre ces deux systèmes ici : comptabilité de trésorerie ou comptabilité d’engagement ? Que vous soyez en comptabilité de trésorerie ou en comptabilité d’engagement, vous aurez besoin d’un expert-comptable. L’étendue de sa mission dépendra des tâches qui vous lui confierez.

La comptabilité pour les micro-entreprises

Si vous avez opté pour le régime fiscal de la micro-entreprise, vos obligations comptables sont très allégées et vous n’avez pas besoin d’établir des comptes annuels. Vos travaux à prévoir en comptabilité consistent uniquement à :

  • tenir un livre des recettes, qui contient toutes les recettes encaissées et qui fournit plusieurs informations pour chaque opération,
  • tenir un registre des achats, qui contient toutes les dépenses payées et qui fournit plusieurs informations pour chaque opération. Ce registre n’est obligatoire que si votre activité consiste à la vente de marchandises, en la vente de fournitures et denrées à consommer sur place ou à emporter, ou en la fourniture de prestations d’hébergement.

Nous développons ce sujet en détail ici : la comptabilité du micro-entrepreneur. Sous ce régime fiscal, vous n’avez pas besoin d’un expert-comptable.

Quelles sont les solutions possibles pour mettre en place la comptabilité ?

Plusieurs solutions s’offrent à vous pour organiser la comptabilité de votre entreprise. Vous pouvez choisir :

  • de gérer l’ensemble de la comptabilité vous-même, de l’enregistrement des écritures à l’établissement des comptes annuels,
  • de déléguer l’ensemble de la comptabilité à un expert-comptable,
  • ou de répartir les travaux comptables entre vous et votre expert-comptable.

Dans ce dernier cas, l’entrepreneur se charge généralement d’enregistrer une partie des écritures en comptabilité, telles que les écritures d’achat et de vente par exemple, puis l’expert-comptable se charge d’enregistrer les autres opérations (dont les écritures de fin d’exercice) et d’établir vos comptes annuels.

La mise en place de la comptabilité de l’entreprise

Pour mettre en place la comptabilité de votre entreprise, vous devrez notamment choisir votre logiciel de comptabilité, choisir votre expert-comptable, mettre en place votre plan comptable ainsi qu’un système de classement des pièces comptables justificatives.

Le choix du logiciel de comptabilité

Pour tenir votre comptabilité, vous devez utiliser un logiciel respectant toutes les normes en vigueur. Il existe plusieurs solutions possibles : application en ligne, logiciel… et les offres proposées par les éditeurs sont multiples. N’hésitez pas à demander conseil à votre expert-comptable pour choisir votre logiciel comptable.

Si vous avez décidé de gérer toute votre comptabilité vous-même, votre logiciel doit être complet. Il doit non seulement vous permettre d’enregistrer toutes vos écritures, mais également permettre l’établissement du fichier des écritures comptables (fichier que vous devez être en mesure de transmettre à l’administration fiscale en cas de contrôle), l’établissement des livres comptables obligatoires et l’édition de vos comptes annuels.

Également, il peut être intéressant que votre logiciel dispose :

  • d’une fonctionnalité qui vous permet d’établir vos devis et vos factures (avec un enregistrement automatique de vos factures de vente en comptabilité),
  • d’une fonctionnalité permettant d’établir et d’envoyer votre liasse fiscale en format dématérialisé.

Enfin, si vous déléguez toute la gestion de votre comptabilité à un expert-comptable, vous n’avez pas à vous soucier de cette partie. Vous devrez simplement communiquer toutes vos pièces comptables à l’expert-comptable.

Le choix de l’expert-comptable

Pour mettre en place la gestion de la comptabilité de votre entreprise, vous allez devoir choisir votre expert-comptable, sauf si vous décidez de tout gérer vous-même.

Suivant l’organisation de votre comptabilité, plusieurs options sont possibles :

  • déléguer l’intégralité de la comptabilité à votre expert-comptable,
  • gérer en interne une partie de la comptabilité et déléguer le reste à votre expert-comptable.

Je délègue toute ma comptabilité à l’expert-comptable

Dans cette configuration, vous ne vous occupez pas du tout de votre comptabilité. Vous devrez simplement communiquer vos pièces comptables au cabinet.

En déléguant l’intégralité de votre comptabilité à l’expert-comptable, vous n’aurez pas à vous soucier de ce travail. En contrepartie, les honoraires de l’expert-comptable seront plus importants.

Je gère une partie moi-même et je délègue le reste à l’expert-comptable

Dans cette configuration, vous vous chargez généralement d’enregistrer vous-même vos factures d’achat, vos factures de vente ainsi que vos opérations de trésorerie en comptabilité, et votre expert-comptable enregistre les autres opérations (déclarations de TVA, paie, opérations de fin d’exercice) et établit vos comptes annuels.

En vous occupant d’une partie des travaux comptables, vous réduisez le montant des honoraires de l’expert-comptable à condition que vos enregistrements soit effectués correctement. En contrepartie, vous devrez consacrer une partie de votre temps aux travaux comptables d’enregistrement.

La mise en place du plan comptable

Normalement, la mise en place de votre plan comptable s’effectue assez simplement grâce à votre logiciel de comptabilité. En effet, un plan comptable standard vous sera proposé lors du paramétrage de votre dossier. Il faudra ensuite l’adapter pour tenir compte des spécificités de votre activité et de votre organisation.

Lorsque vous avez plusieurs activités et que vous souhaitez pouvoir les analyser distinctement, il va falloir adapter votre plan comptable et créer tous les comptes nécessaires. Votre expert-comptable peut vous conseiller à ce sujet.

Si vous déléguez toute la gestion de votre comptabilité à un expert-comptable, vous n’avez pas à vous soucier de cette partie.

Le classement des pièces comptables

Toutes les pièces comptables justificatives doivent être conservées sous leur forme originale. Vous devez mettre en place une méthode de classement vous permettant de faire facilement la liaison entre la pièce justificative et son écriture comptable.

Pour cela, on adopte généralement un classement par ordre chronologique et/ou par ordre alphabétique. Ensuite, on reporte sur chaque pièce comptable justificative le numéro attribué par le logiciel de comptabilité à l’écriture comptable.


Pierre Facon

Co-fondateur - Le Coin des Entrepreneurs
Média online de référence sur la création, la reprise et la gestion d'entreprise
Application digitale pour accompagner les entrepreneurs dans leurs projets
Expert en création d’entreprise



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